县中医医院成立于1988年，主要承担全县中医药事业发展和人民群众的疾病预防、保健、医疗和临床科研教学任务。占地面积50亩，业务面积12002.99㎡；2022年新建骨外科住院综合楼1栋，建筑面积18375.14㎡，预计今年8月投入使用。2013年通过评审晋级为“二级甲等”中医医院，2024年5月复审通过。2020年10月通过云南省第一轮县级中医医院综合服务能力提升达标验收。2023年入选国家卫生健康委能力建设和继续教育中心第三批基层西学中能力建设工程带教基地。
医院设有脾胃病科、老年病科、内二科、外科、骨伤科、针灸推拿科、康复科、急诊科、感染性疾病科、妇科、眼科、口腔科、皮肤科、麻醉科、治未病科15个临床科室；检验科、放射科、功能科、药剂科、手术室、消毒供应室6个医技科室。其中：有省级重点专科脾胃病科1个，州级重点专科针灸推拿科、骨伤科2个，骨伤科、老年病科为在建省级中医特色优势专科。积极与上海嘉定区中医医院、楚雄州中医医院、云南省中医医院老年病科签订对口帮扶协议；与省级三甲医院建设专家工作站8个、专科联盟9个，充分利用对口帮扶、专科联盟、专家工作站“精准输血”，快速提升医院服务能力。
医院现有人员编制75人，共有职工271人，其中：正式在编职工69人，编外职工202人；全院具有中、高级职称73人。医院编制床位200张，实际开放床位230张。有吴泽春、刘祖贤省级基层名老中医药专家传承工作室2个，楚雄州中青年学术技术带头人1人，牟定名医4人，第二批云南省中医临床优秀人才研修项目学员1名，牟定名医工作室2个。
现拥有128层螺旋CT、腹腔镜、钬激光、电子胃肠镜、G形臂、电子支气管内窥镜系统、眼科光学相干断层扫描仪、手术显微镜、超声生物显微镜、光学生物测量仪、角膜内皮细胞计数仪等先进医疗设备。
开展中彝医适宜技术65项，以微创手术精细操作为特色，中西医结合为优势，能开展肝、胆、胃肠、甲状腺、乳腺、妇科、肛肠、眼、口腔等疾病相关手术；开展微创腹腔镜胆囊摘除术、肾囊肿去顶术、前列腺电切术；微创治疗肾结石、输尿管结石、膀胱结石；妇科微创手术；骨伤科开展脊柱、关节、四肢骨折切开复位固定术、腰椎间盘髓核摘除、髋（膝）关节置换等手术；开展眼科白内障超声乳化手术、青光眼、翼状胬肉、眼整形等相关三四级手术。发挥县域中医药服务龙头作用，全面履行中彝医管理中心职责、任务，提升县乡村中医综合服务能力，强化基层中彝医适宜技术推广，确保向基层医疗卫生机构推广6类10项以上中医药适宜技术。
多年来，在县委、县政府及卫生健康局的坚强领导下，在全院干部职工的共同努力下，先后被省、州、县委、县政府等部门授予“省级园林单位”“省级慢性呼吸机系统疾病登记报告先进集体奖”“州级文明单位”“州消防安全管理先进单位”“楚雄州学习型党组织建设示范点”“牟定县脱贫攻坚先进集体”“牟定县工会工作先进集体”“牟定县民族团结进步先进集体”等荣誉。牟定县中医医院坚持公益惠民的宗旨，通过健康扶贫、送医送药下基层、公益救助等各类活动，赢得了良好的社会口碑。
县中医医院始终坚持“仁心仁术、救死扶伤、传承发展、佑护健康”的办院宗旨，秉承“厚德精术、传承创新”的院训，坚持“中医办院方针，努力把医院建设成为专科突出，中医特色优势明显，云南省具有一定影响力的二级甲等中医医院”的发展目标。为人民群众提供质优、价廉的中医医疗保健服务，医院社会效益、技术效益和经济效益有新的突破，提高人民群众的就医获得感和幸福感。
