中心内设8个科室，分别是：中心办公室、财务后勤科、慢性病防制及健康教育科、地方病及卫生监测科、疾病控制科、免疫规划科、检验科、性病艾滋病麻风病防治科。
主要职责有:
1.传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制;
2.突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；
3.疫情及健康相关因素信息管理，开展疾病监测，收集、报告、分析和评价疾病与健康危害因素等公共卫生信息；
4.健康危害因素监测与干预，开展食源性、职业性、放射性、环境性等疾病的监测评价和流行病学调查，开展公众健康和营养状况监测与评价，提出干预策略与措施；
5.疾病病原生物检测、鉴定和物理、化学因子检测、评价；
6.健康教育与健康促进，对公众进行健康指导和不良健康行为干预；
7.疾病预防控制技术管理与应用研究指导等。
近几年来，经过非典、甲型H1N1流感、猪链球菌病等疫情及新冠肺炎等一次次重大突发公共卫生事件的洗礼与考验，中心自身能力不断增强。有效保障了人民群众健康和生命安全。
